San Carlos, ciudad situada a unos 290 kilómetros al sureste de Managua, justo donde termina el Lago de Nicaragua y comienza el río San Juan, es la cabecera de la región.

El municipio de San Carlos es prácticamente el punto de origen del Río San Juan, sitio descubierto a raíz de la búsqueda de los conquistadores españoles de una ruta que conectara la Mar del Norte con la Mar del Sur (Pacífico) en 1529. No se conoce la fecha exacta de la fundación del poblado de San Carlos. En un documento elaborado en Granada con fecha 12 de abril de 1679, el Obispo de Nicaragua Fray Andrés de las Navas y Quevedo expuso al Rey de España la necesidad de fundar una ciudad en la “Boca del Desaguadero”, como se le llamaba durante la Colonia al Río San Juan. Es así que la antigua ciudad española Nueva Jaén, cuya fundación se le atribuye al capitán Gabriel de Rojas en 1527, ocupó el actual asiento de San Carlos, según afirma el historiador guatemalteco sacerdote Domingo Juarros.

Durante la colonia española, los ingleses en tres ocasiones lograron cruzar el río para asaltar la ciudad de Granada, razón por la cual se decidió construir el fuerte de San Carlos y el Fuerte "El Castillo" o de la Inmaculada Concepción.

El Fuerte de San Carlos fue construido en 1666 tras las incursiones piratas por el Río San Juan. A pesar de ello el pirata Gallardillo toma el fuerte en 1670 y llega hasta Granada.

Actualmente se está realizando en proyecto de acondicionamiento para albergar un museo, una cafetería y un mirador.

En la Oficina de Turismo directamente delante del muelle, podrán obtener información sobre las excursiones a la fortaleza de la Inmaculada Concepción en el Río San Juan

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